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在《古墓丽影——最后的启示》上市仅仅几个月后，“古墓”系列的新产品——《失落的神器》又上市了，该游戏延续了《古墓丽影Ⅲ》的情节，开始于WILLARD垂死，劳拉发现他的随从已经发现了第五神器，并将它安置于他在苏格兰尼斯湖的地产中。似乎这最后的陨石碎片掌握了WILLARD实验的关键，只是他发现的太晚了。于是，劳拉的探险便开始于尼斯湖边，她必须使第五神器免于落入坏人之手。
第一章 苏格兰（Scotland）
第一关 苏格兰高地舞 HIGHLAND FLING
劳拉不顾天上横飞的暴雨，爬上一堵青藤墙跃下，走不了几步跃入水中。随着水流冲到另一水域后，在水底搜索一番，然后从一座有两个铁柱的码头上岸。向高处走入一个阴暗的山洞，有个斜坡可到达高处。从高处左下方的黑暗处爬进内部，到底部扳下一个开关。从刚打开的洞口爬上，打死两只狗，从大门出去，先杀死守卫1（请大家注意守卫的编号）。接着进入对面屋里，从屋里右方的平台跳至城堡上方的平台，杀死守卫2和几只乌鸦，来到城堡的正前方（城堡上方的平台上、左边河床两边分别有乌兹枪和鱼叉枪）。看到左右各有一扇关上的窗子，里面可看到有守卫（但先别急着去解决他们）。往右跳过一个坑，杀死池边的守卫3（池里有一把铁钩）。看到一个机关，扳下开关，以最快速度回来，跳过刚才那个坑进入右边的窗子（慢了窗就关了，因为机关有时间限制），进入后杀死守卫4。进入另一屋子，从守卫出来的地方进入，在里面朝外打死守卫5，然后用铁钩开锁进屋获得一些秘密物品。从旁边的出口爬出，进入狗头所对的大房子，打死守卫6。然后要注意四周转转，可以获得一些物品。从屋子左边走，这是一个中央有一块碑的水沼池，跳上最高的一块石头，连续跳两次，来到尖碑对面的一小块立足之地。看起来前面似乎不能再走了，出路呢？看到对岸石块上有一处图案吗？这就是出路，从这一平台，跳入图案下方的水沼，在污泥来不及淹到头顶时，向图案下方进入。接着爬入通道，由左边可到一空地，杀死两只狗后得到弹药。回通道，从右爬出起身，不要下水沼，爬上两块石头可得到第一个THISTLE STONE。走至边缘向上抓荡至对面下落。回到刚才守卫3的地方再越过泥坑，一直前行，跳上另一个限时开关处，扳下开关，迅速来至刚才打开的左窗，进入打死守卫7。进入里屋，在左边有一条路，一直向上走，杀死一只狗，走到尽头右拐，在泥坑前跳起。荡至对面爬进洞，躲过滚动的石头。爬到有守卫的一层杀死守卫8和一只乌鸦，向前走到平台上，助跑跳抓到对面一块平台上，引出一群蝙蝠。跑跳到对面，想办法来到上一层，杀死乌鸦。从中间平台上到顶部。仔细找，得到另一个THISTLE STONE。下至平台，跳进对面的斜道，下滑回到杀死守卫7的地方。附近有一个铁门，左右各有一个龙嘴样的把手，把两个THISTLE STONE用在上面，开启铁门，进门下滑过关。
第二关 威拉德之巢 WILLARD'S LAIR
劳拉下滑直至底层，先躲开左边移来的钉板，再跳入前方洞中。此时注意下滑到最后再起跳，抓住对面的墙梯。下到平地，躲过滚石，再沿着滚石的通道往前。路上捡起铁钩，往下跳到一块绿色的岩石上。岩石后有一只狗，杀死它。发现了出口，从出口处以蹲姿爬出，谨防铁刺陷阱。然后走过滚石阵，接着从对面右边的出口跑出，躲开迎面而来的巨石，向左拐两次进入一间小屋。屋内左边会有钉板向你移来，躲闪后转身爬上第二层。要以最快速度扳下开关，躲进刚打开的门，就可以左拐从洞中滑下。躲开上层的落石后，杀死几只乌鸦，抓跳到对面平台，杀死上面的狗，躲开落石。先扳下顶屋的开关，然后爬上右边的青藤墙，上爬至顶向左横移。看到另一处墙上也有青藤，小心爬下进入底屋。在连续几个跳跃后，躲开从上往下压的几道钉板。最后下跳至底层，爬出来到刚才为了躲铁板而扳开机关的地方。这时铁板已经在左面了，可以下去到第二层找到一些秘密物品。扳下第二层旁边的开关后，从打开的铁门处出去，发现又回到刚才躲开落石，杀死乌鸦处。按原路爬上刚才的青藤墙，向上跳爬至最高处，进入中央守卫室，打死三个守卫，在地图上拿到CAIRN KEY，在里面可以玩个推箱子的游戏，用铁钩打开里层可找到一些秘密物品。在中央守卫室后方有许多图书柜，劳拉奔跑于这些图书柜之间，最终打开最内层的书柜（可用听音辨位法，即走到某处听到书柜移动的声音），进入里面，打死一只狗，一直向前跑去便可过关了。
第二章 海底隧道（Channel Tunnel）
第三关 沙士比亚悬崖 SHAKESPEARE CLIFF
劳拉先掏枪打死激光枪兵，找到一个开关。按下机关，进入旁边被打开的门。出现三个暴徒，打死他们，再进入里屋。掏枪打碎屋子里一处隐约有光的窗子，算好喷火间隔时间勇敢地走过去。进入一个中间有深坑、上面有钻头的房间，在里面的通道边上发现标有红色闪电标志。这时要背朝标志，倒跳到里层梯子上，可下到下一层。向左移动，穿过火焰（要小心上面下来的钻头），从钻头上的平台跳到对面，发现机关。扳下开关，关闭两个风扇。从关闭的风扇中间走入，跳下刚打开的活门，来到再下面的一层。找到中间的房间，打死一名暴徒。再爬上二层铁板，打死一名激光枪兵，越过火焰，跳到铁轨对面，扳下开关，打开门后又有一名激光枪兵和一个暴徒，杀死敌人，得到一辆四轮车（控制方法和三代相同，就是CTRL加方向键）。开着车上坡，越过铁轨来到对面，冲过三个深渊。在断了的铁矿车处下车，发现这是一个深渊的上方。扳下左边火焰旁的开关打开电脑房门，进去打死一名正上厕所的暴徒。再上车从断了的铁矿车上方下车（有点亡命飞车的意思），来到下面的房间里。一路可以用车压死所有挡住去路的生物（很爽啊）。到达铁板上有一块磁卡的地方，捡起卡片，把磁卡上方的机关拆下。出现了出口，从打开的出口飞车进门，这时可以下车了。爬上平台杀死两名暴徒，拉下开关，从地下室进入。用刚才拿到的磁卡打开钻井机，随着一阵轰响，出现一个深深的地洞。勇敢地跳下去，直至底屋。扳下那里的机关，打开两扇铁门，跳入对面的通道，过关。
第四关 双鱼宫历险 SLEEPING WITH THE FISHES
劳拉来到了双鱼宫水下基地。先向右边走，到达有水池的房间，打开里面的转盘，一个守卫被放了出来，打死他。从守卫出来的地方进入，到达另一边的水池房间。打开水底的一个机关，从开口处游到外面（水下有两个蛙人，要注意应付）。从刚才看到蛙人下水的地方上去，有一个机关。扳下墙上的开关后，就打开了水底的另一个通道。从通道游到另一个水底世界，到达一间墙上有两个开关的控制室，看来得找到两把钥匙来激活它。再次下水，杀死所有蛙人。在这间控制室上方水面的洞中和旁边的一个水屋内找到两个CIRCUIT BULB，这就是钥匙了。用这两个东西打开控制屋内的两个开关，把附近的一扇门打开，进门后在边上的洞里拿到沙漠之岛（需要利用潜水艇撞开墙）。游入里面，到尽头上岸舒口气（注意这个地点，会多次经过的）。回身下水来到水下另一深洞，打死恶鱼，拿到左轮手枪。继续游回深洞上方一处不可上岸的奇怪地点，在这里四处游一下，会触动警报。警报响后，再游回刚才上岸舒气处，发现有新的门打开了。从开着的门中进入，打死一个激光枪兵。又出现一机关，扳下开关后，打开外屋的铁门。进门扳下两个转盘，取得火箭筒，用来打开刚才杀死恶鱼的水中上方的两扇门。进门发现两个MUTANT SUMPLE，再从左边门中游入（这里又有恶鱼）。上岸，进入里面的控制间，把两个MUTANT SAMPLE放入两台电脑中（一个需要移动箱子才能发现）。回到刚才上岸舒气处，跃上一层，杀死激光枪兵后下水，得到HAND OF RATHMORE。从刚打开的门游入下一层，扳下开关游入上方平台，跳上远处的小船，过关。
第三章 巴黎动物园（Paris Zoo）
第五关 疯狂之屋 IT'S A MAD HOUSE
当劳拉在水下捡起HAND OF RATHMORE时，头顶上方的门打开了。爬上去，打死附近出来的两只老虎，直到屋顶上。在一个被绿草遮住的地方下去，捡到ZOO KEY。然后下屋顶，打开一扇门，走进动物园底层，扳下墙上开关，打开门跑出去。从一块石头上爬到一个迷宫式的花园里，消灭里面所有的老虎。穿过迷宫，来到猴山。猴子会叨走AVIARY KEY，必须打死猴子拿回AVIARY KEY。接着到对面的洞口，进入后荡到对面（注意下地后要躲过地板上的尖刺）。这里是一条走廊，尽头有个机关，用来打开一扇门。进门后，发现有个地方可以上攀，上去后又是一个房间。由房间里的吊绳下滑，到达中央有一座小岛的猴山。杀死蜂拥而来的猴子，到水下深洞寻找另一个AVIARY KEY（小心食人鱼）。猴山左方有一个限时的机关，扳下后要以最高速度跑到机关上方打开的门里，回到动物园的门口，这时候你可以用AVIARY KEY打开对面的门了。门内是鸟山，需要杀死所有向你攻击的乌鸦。从鸟山右面一个有绿色梯子的地方开始爬。爬上去后，在树上依次跳跃，最后跳到鸟山的中央石柱上（会有很多的乌鸦来骚扰你）。从中央石柱下滑到底部，发现地洞，勇敢地跳下去，一直走到尽头。这时看见中央有一个空心人像，跳到它前面隐约露出的平台上，用HAND OF RATHMAKE打开机关，过关。
第六关 大结局——团聚 REUNION
这一关，劳拉要面对的是在Ⅲ代中出现过的苏菲亚。一开始要马上跳抓住边缘，爬上平台，否则会死得很惨。从右边上去，打死两个无心人，点燃火把，可以看到隐约出现的平台。跳到对岸的平台上，躲过火灯。跳过深沟后，就碰见了大魔王苏菲亚。先爬上屋子，打死所有的无心人，躲过左边的石头，扳下开关。从打开的两扇门进入，再打死所有的无心人。从屋内的梯子爬上去，终于到达苏菲亚的房间了。这是决一死战的时刻，其实用火箭筒和来福枪便可轻易打败这个女人，夺回失落的第五神器——HAND OF RATHMORE。接着劳拉从打开的门中下滑，落入水中。顺势上岸，走向热气球，坐着气球扬长而去，结束了这场寻找失落神器的梦幻之旅。
